Syddansk Universitetsforlag udgiver bøger i samarbejde med en lang række samarbejdspartnere. 
Følgende bogserier udgives eller sælges i kommission:

• Danmarks Kirker
• Danmarks Middelalderlige Byplaner
• Dansk Flygtningepolitik 1933-1945
• Dansk industri efter 1870
• Dansk Velfærdshistorie
• Danske litterære tekster
• Det Danske Sprog- og Litteraturselskab
• Det Kongelige Danske Videnskabernes Selskab
• Forskningsprogrammet om Strukturreformen
• Halicarnassian Studies
• Idræt, Krop og Sundhed
• Kildeskriftselskabet
• Klassikeroversættelser
• Landskabet
• Litteratur og begær
• Mediaeval Scandinavia
• Mediedansk
• Metodeserie for social- og sundhedsvidenskaberne
• Nationalmuseet
• Nye historier om Dansk Litteratur
• Odense Bys Historie
• Odense Monographs on Population Aging
• Ph.d.-afhandlinger fra Det Samfundsvidenskabelige Fakultet, Syddansk Universitet
• Pontoppidan Selskabets Skriftserie III. Række
• Poul Henningsen og den danske kulturarv
• Pædagogik under forandring
• RASK Supplement
• Rockwool Fondens Forskningsenhed
• Scandinavian Atlas
• Studien zur Geschichte des Ostseeraumes
• The Viking Collection
• Udspil
• Universitets-Jubilæets danske Samfund (UJDS)
• University of Southern Denmark Classical Studies.
• University of Southern Denmark Studies in Art History.
• University of Southern Denmark Studies in History and Social Sciences
• University of Southern Denmark Studies in Linguistics.
• University of Southern Denmark Studies in Literature.
• University of Southern Denmark Studies in Philosophy.
• University of Southern Denmark Studies in Scandinavian Languages and Literatures.
• University of Southern Denmark Studies in Sport and Movement
• Verden i forandring
• Virksomhedsøkonomi