I oktober 1943 lykkedes det over 7.000 danske jøder at flygte til Sverige. Det skete takket være en bred folkelig organisering, der er enestående i Hitlers Europa, hvor fem mio. jøder blev myrdet af nazisterne og deres forbundsfæller. Den lykkelige flugt er blevet kaldt Miraklet ved Øresund. Men ´miraklet´ lader sig forklare.
Holocaust i Danmark fokuserer på den rigsbefuldmægtigedes, SS-generalen Werner Bests, motiver til at udløse aktionen og senere til at sabotere den. Den gengiver den tyske diplomat G.F. Duckwitz´ dagbog fra de afgørende uger, hvor han lækkede tidspunktet for den forestående aktion til den danske side. Andre temaer er de danske myndigheders desperate plan om at internere jøderne i Danmark for at undgå, at de blev deporteret til Polen, den afgørende hjælp fra Sverige, der åbnede sine grænser for flygtningene, og det diplomatiske spil for at redde de 500 jøder, der blev fanget og sendt til Theresienstadt i Böhmen. Der afrundes med beretningen om Udenrigsministeriets omdiskuterede besøg i lejren i 1944: Spillede man spillet, eller blev man narret af Gestapos propagandastykke?
